Memenuhi amanah AD/ART APJII, Pengurus APJII harus menyelenggarakan Musyawaran Nasional (Munas) dalam kurun waktu 3 (tiga) tahun sekali. Pengurus 2006-2009 dibentuk melalui Musyawarah Nasional Luar Biasa (Munaslub) tanggal 25 Januari 2006. Dengan demikian tanpa terasa kepengurusan ini telah berjalan selama 3 tahun.

Musyawarah Nasional merupakan kekuasaan tertinggi APJII yang harus diselenggarakan oleh Dewan Pengurus dalam masa kerja 2006-2009. Dalam Munas inilah Program Kerja untuk periode 2009-2012 akan ditetapkan dan dilakukan pemilihan pengurus baru sebagai penggerak roda organisasi di kepengurusan mendatang.

Pengurus periode ini merupakan pengurus pertama yang menggunakan organisasi baru yang mengubah posisi Dewan Ketua menjadi seorang Ketua Umum dan menghapuskan jabatan Sekretaris Jenderal yang telah dipakai selama hampir 10 tahun berdirinya APJII.

Waktu 3 tahun yang telah dilewati sejak terpilih, berisi banyak sekali perkembangan di dalam industri Internet. Sayangnya sebagian besar dari anggota APJII belum atau tidak dapat mengikutinya dan tidak dapat menikmati hasil perkembangan tersebut. Bahkan sebagian diantaranya terseok-seok dan akhirnya padam alias tutup. Indikasi dari hal ini adalah sulitnya APJII mengumpulkan iuran, baik iuran bulanan iuran tahunan untuk blok IP maupun pembayaran Fasilitas Fasilitas Bersama NOC APJII karena masalah kesulitan keuangan. Indikasi lain adalah dicabutnya izin mereka oleh Ditjen Postel.

Namun kita semua masih pantas bersyukur bahwa di tengah banyak masalah yang berkepanjangan, APJII masih dapat menyelenggarakan APRICOT (Asia Pacific Regional Internet Conference on Operational Technologies) 2007 di Bali dengan sukses. Kita tentu berharap kesuksesan itu diikuti dengan suksesnya semua anggota menjalankan bisnis ini.

Semoga saja perbaikan-perbaikan menuju terciptanya iklim industri yang kondusif dapat terwujud. Tentu semua ini tidak terlepas dari dukungan dari semua kalangn, dalam hal ini Anggota.